کارایی از موضوع‌های مهمی است که علاوه بر مدیران شرکت‌ها و سازمان‌های مختلف، مشتریان استفاده‌کننده از خدمات این شرکت‌ها و سازمان‌ها نیز به آن علاقه‌مند هستند. هدف این پژوهش، بررسی کارایی شرکت‌های داروسازی پذیرفته‌شده در سازمان بورس اوراق بهادار با استفاده از تحلیل پوششی داده‌های پنجره‌ای و سپس ارائه قواعدی با استفاده از درخت تصمیم است. روش تحلیل پوششی داده‌های پنجره‌ای با امکان‌پذیر ساختن ترکیب مشاهدات سری زمانی و مقطعی، تا حدودی مشکل ناکافی بودن مشاهدات را برطرف می‌کند. این روش بر اساس میانگین متحرک عمل می‌کند و برای‌ یافتن روندهای عملکرد‌ یک واحد در طول زمان مفید است. در این پژوهش، ارزیابی کارایی 23 شرکت داروسازی پذیرفته‌شده در سازمان بورس اوراق بهادار با توجه به ورودی‌ها و خروجی‌ها به روش تحلیل پوششی داده‌های پنجره‌ای در وضعیت بازدهی ثابت نسبت به مقیاس در طول سال‌های 1388-1393 صورت گرفته است و سپس نتایج حاصل از آن به‌عنوان برچسب دسته واحدهای تصمیم‌گیرنده که در واقع ورودی روش درخت تصمیم است، مورد استفاده قرار می‌گیرند. درنهایت، با استفاده از درخت تصمیم، قواعد مستتر در داده‌ها استخراج می‌شود.